Los efectos colaterales son negativos, por lo que no usaremos la magnetoterapia en diferentes casos:
-Pacientes portadores de prótesis ortopédicas magnetizables.
-Pacientes con marcapasos por la posibilidad de interferir en su funcionamiento.
-Pacientes con una infección activa, sobre todo en procesos como la tuberculosis.
-Pacientes embarazadas.
-En focos hemorrágicos, por su acción vasodilatadora facilitaría todavía más el proceso hemorrágico.
-Pacientes con hipertiroidismo.
-Existencia de tumores, por el peligro de su diseminación.
-Pacientes con micosis.
-Pacientes con insuficiencia coronaria o ángor.