Abarca desde la 3ª a la 8ª semana y que se caracteriza porque empiezan a configurarse los distintos órganos los principales sistemas del cuerpo: nervioso, respiratorio y digestivo. Es un periodo muy critico en el embarazo puesto que el embrión es muy vulnerable a las influencias del ambiente prenatal. Es la época en la que se pueden producir alteraciones congénitas tales como la sordera, el paladar hendido, la ceguera. Aquellos embriones que han sido afectados muy gravamente, por lo general, no sobreviven y se puede producir un aborto espontáneo. En este periodo el nuevo organismo se llama embrión.
Principios que guían el desarrollo: el principio proximodistal indica que el desarrollo se efectúa desde la parte más próxima al eje central del cuerpo a la parte más alejada.
El principio cefalocaudal indica que el desarrollo progresa de la cabeza a los pies. A finales este periodo, el organismo mide aproximadamente 2,5 cm, pero todavía no parece un ser humano. Aparece una distinción clara entre la cabeza y el cuerpo, e incluso, se pueden distinguir los ojos, la nariz, el labio y la lengua.